Vườn quốc gia Côn Đảo thuộc địa phận hành chính huyện Côn Đảo, tỉnh Bà Rịa -Vũng Tàu, nằm về phía Đông Nam của Việt Nam. Có tọa độ địa lý:

- Từ 8o36’ đến 8o48’          Vĩ độ Bắc

- Từ 106o31’ đến 106o46’   Kinh độ Đông

Cách cửa sông Hậu (tỉnh Cần Thơ) 83 km, cách thành phố Vũng Tàu 185 km và thành phố Hồ Chí Minh 250 km.

Tổng diện tích tự nhiên: 19.883,15 ha, gồm:

- Phần diện tích bảo tồn rừng trên các hòn đảo: 5.883,15 ha được chia thành 3 phân khu chức năng (1) Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt: 4.612,58 ha; (2) Phân khu phục hồi sinh thái: 531,03 ha; (3) Phân khu dịch vụ - hành chính: 739,54 ha.

- Phần diện tích bảo tồn biển: 14.000 ha được chia thành 3 phân khu chức năng (1) Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt: 2.292,10 ha; (2) Phân khu phục hồi sinh thái: 2.062,20 ha; (3) Phân khu dịch vụ - hành chính: 9.645,70 ha.

Ngoài ra, diện tích vùng đệm trên biển là: 20.500 ha